O prognóstico funcional, ou recuperação das funções alteradas pela lesão cerebral depende do tipo, extensão e gravidade da lesão. Segundo Simón, o prognóstico é mais grave em caso de hemorragia do que de trombose.

Outro aspecto importante a considerar no prognóstico é a idade do doente. O cérebro de indivíduos mais jovens tem maior adaptabilidade funcional e, por isso, maior potencialidade de recuperação. A ausência de reflexo oculocefalógiro, incapacidade para virar o olhar para o lado dos membros com paralisia quando em combinação com uma hemiplegia grave, alteração dos reflexos pupilares, e a afecção dos reflexos oculovestibulares são indicação de mau prognóstico.

Segundo Anderson, 23% dos que têm um AVC morrem nos sete dias seguintes, 31% nas três semanas seguintes e 48% antes do final do primeiro ano após o AVC. Em resumo, segundo este autor, independentemente do entretanto, cerca de um terço dos doentes morre por causa do AVC e a maioria morre cedo. Quanto mais jovem é o doente maior é a probabilidade de sobreviver.

A recuperação segue uma curva ascendente entre os três e os seis meses, para alcançar cerca de 85 a 90% da recuperação possível entre os 12 e os 18 meses. Segundo Simón, os estudos de seguimento de indivíduos que sofreram AVC extensos mostraram que só uma pequena parte dos doentes regressa ao trabalho, em consequência das sequelas físicas e cognitivas que limitam a acção do indivíduo.

Segundo Anderson , um ano depois do AVC, mais de metade dos sobreviventes não evidenciava hemiparesia ou hemiplegia.

A recuperação dos doentes visa as áreas afectadas e a recuperação deve começar o mais breve possível. Para além das consequências motoras e cognitivas, que são consequências directas da lesão, há alterações psicológicas a nível emocional (ansiedade e depressão),desânimo, assim como de variáveis de auto - referência, tais como, autoeficácia, autoconceito, auto-estima e de suporte social, que vão afectar o empenho do doente na recuperação. A diminuição das expectativas por via da interacção das variáveis cognitivas, emocionais e físicas, reduz a motivação do doente para se empenhar na recuperação, sendo mais grave quanto mais avançada for a idade do doente (Pais Ribeiro, 2005).